เกมดังกล่าวประกอบไปด้วยโครงเรื่องเริ่มต้นใหม่ของเกมซูเปอร์บอมเบอร์แมนภาคก่อน มันเริ่มต้นในโรงเก็บขยะหุ่นยนต์ ที่จักรพรรดิบักเกลอร์ได้ฟื้นคืนชีพหุ่นยนต์ห้าตัวให้เป็นลูกน้องคนใหม่ของเขาในนาม ไฟฟ์แดซเทิดลิบอมเบอส์ (Five Dastardly Bombers) อย่างไรก็ตาม บนดาวเคราะห์บอมเบอร์ มีพี่น้องบอมเบอร์แมนใช้ชีวิตอยู่ เป็นหุ่นยนต์แปดตัวที่สร้างขึ้นเพื่อเป็นวีรบุรุษของจักรวาล โชคไม่ดี ที่มีเพียงไวต์ ซึ่งเป็นพี่ชายคนโตเท่านั้นที่มีความคิด และระเบียบวินัยที่เกี่ยวข้องกับบทบาทนี้ รวมถึงไม่มีโชคที่ทำให้น้องของเขาปฏิบัติภารกิจอย่างจริงจัง แบล็กเป็นคนหนีงานที่หมกมุ่นกับตัวเอง, พิงก์เป็นห่วงแฟชั่นและเรื่องซุบซิบมากกว่า, บลูชอบนอนทั้งวัน, เรดเป็นคนใจร้อนที่ไม่สามารถควบคุมได้, เยลโลว์ไร้เดียงสาต่อความผิด, อควาเกลียดความรุนแรง และกรีนเป็นคนฉลาดแกมโกงที่ใช้สถานภาพของเขาในฐานะน้องชายเพื่อจัดการกับพี่น้องของเขา ในขณะที่ไวต์พยายามที่จะพาน้องไปฝึกกับเขา โทรทัศน์ก็เริ่มส่งสัญญาณจากบักเกลอร์ ผู้ประกาศเป้าหมายของเขาที่จะพิชิตจักรวาล และแสดงให้เห็นว่ากองทัพของเขาได้ควบคุมดาวเคราะห์ห้าดวงในสตาร์รีสกายเนบิวลา ซึ่งสาบานว่าดาวเคราะห์ดวงอื่น ๆ ทั้งหมดจะตามไปในไม่ช้า เขาเสนอคำท้าให้ทุกคนต่อสู้กับไฟฟ์แดซเทิดลิบอมเบอส์ ซึ่งไวต์รับคำท้าในทันที และบังคับให้น้องของเขามากับเขา ขณะที่เขามุ่งหน้าไปยังสตาร์รีสกายเนบิวลา เพื่อเผชิญหน้ากับกองทัพบักเกลอร์